Ο Ναός της Αγίας Αικατερίνης ανήκει στην ενορία της “Μεγάλης Παναγίας- Αγίου Δημητρίου Θηβών” και αποτελεί ξεχωριστή παρακαταθήκη και ιδιαίτερη ευλογία για την ιστορική πόλη των Θηβών, αφού είναι από τα αρχαιότερα χριστιανικά Θυσιαστήρια της Βοιωτίας και μοναδικός Ναός της Αγίας στην ευρύτερη περιοχή.
Ο πρωτοχριστιανικός Ναός της ΑΓΙΑΣ ΑΙΚΑΤΕΡΙΝΗΣ, αποτελεί ιερό καύχημα, ξεχωριστή παρακαταθήκη και ιδιαίτερη ευλογία για την ιστορική πόλη των Θηβών, αφού είναι ένα από τα αρχαιότερα χριστιανικά Θυσιαστήρια της Βοιωτίας και μοναδικός Ναός της Αγίας στην ευρύτερη περιοχή!
Αριστερά στο ιερό Βήμα, διασώζονται δυο «ακροσόλια» τα οποία, ή ήσαν «τάφοι» χριστιανών νηπίων ή ήσαν οστεοφυλάκια Μαρτύρων Χριστιανών, σκαλισμένα μέσα σε πορώδη βράχο.
Δεξιά στο ιερό Βήμα, διασώζεται τμήμα του βράχου και μέρος της κυκλικής σκάλας η οποία ήταν η είσοδος του εσωτερικού διαδρόμου της κατακόμβης. Ο διάδρομος διέσχιζε τη σημερινή οδό Επαμεινώνδου (πεζόδρομο) και έφτανε μέχρι το Παρεκκλήσιο του Αγίου Ανδρέου, διασχίζοντας απόσταση περίπου 120 μέτρων!
Ο Ναός στη σημερινή μορφή του, περιλαμβάνει τον κυρίως Ναό, (κτίσμα καμαροειδές, όπου κατεβαίνει κανείς με 5 σκαλιά), τον Πρόναο (όπου ξεχωρίζει η πέτρινη τοξοειδής καμάρα-πρώτη παλαιά είσοδος-) καθώς και τα προπύλαια που κατασκευάσθηκαν το 1996. Ο άνω προσκυνηματικός Ναός της Αγίας κατασκευάσθηκε το 1951.
Ο Ναός της Αγίας Αικατερίνης χρησιμοποιήθηκε και ως πρώτο κατάλυμα των ξεριζωμένων Μικρασιατών που εδώ το 1922, βρήκαν φιλοξενία και θαλπωρή.